Výzkumný záměr 2 je zaměřen na vývoj vakcín proti infekcím, u nichž patologický mikrobiální druh má několik variant a ochranné vakcíny musí navodit imunitní obranu proti každé z nich. Řešením je design a příprava chimérických rekombinantních proteinů složených z imunologicky nejvýznamnějších úseků jednotlivých mikrobiálních variant (chimeritopy). Při designu je třeba využít nejmodernější nástroje proteinového modelování in silico, což umožní navrhovat chimerické proteiny s dostatečnou stabilitou jak při expresi tak při následné izolaci a při přípravě nanočásticové (proteoliposomální) vakcíny. Současně je nutné testovat různé kombinace pořadí jednotlivých obsažených epitopů proto, aby intenzita navozené antigenně specifické imunitní odpovědi byla vůči jednotlivým epitopům obdobná. Chimeritop bude připraven jako DNA a mRNA vakcína a jako rekombinantní protein. Jednotlivé formy budou před vakcinací navázány na částicový nosič s pomocnými ‐ adjuvantními látkami. Tento přístup je slibný například při vývoji vakcíny proti borrelióze a jiným bakteriálním infekcím. Pro vybrané virové infekce a nádorové modely umožňuje technika chimerických proteinů fúzovat antigen s nosičovým proteinem který zajistí aktivaci cytotoxických lymfocytů mechanismem přenesené (cross) prezentace antigenu dendritickými buňkami.

Výzkumný záměr 3 je zaměřen na využití knihoven vysokoafinitních vazebných bílkovin (ABD ligandů, binderů) a rekombinantně připravených O‐glykopeptidů strukturně napodobujících pantovou oblast Gd‐IgA1 k inhibici tvorby nefrotoxických imunitních komplexů přítomných v sérech pacientů s IgA nefropatií a dále využití ABD ligandů k identifikaci variant specificky neutralizujících prozánětlivou signalizaci mediovanou cytokinem IL‐6, který byl identifokován ve zvýšené hladině u pacientů s IgA nefropatií a který in vitro stimuluje produkci Gd‐IgA1.